وتم ترسيمه راهبا باسم انطونيوس السرياني عام 1954 ومن عام 1956 الى عام 1962
عاش حياة الوحدة في مغارة. وبعد سنة من رهبنته تم ترسيمه قسا. وأمضى 10 سنوات في
الدير دون أن يغادره.
وعمل سكرتيرا خاصا للبابا كيرلس السادس في عام 1959.
ورسم أسقفا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية وكان أول أسقف للتعليم المسيحي
وعميد الكلية الاكليريكية في 30 من سبتمبر 1962.
وعندما توفي البابا كيرلس في 1971 اختير شنودة للجلوس على كرسي البابوية في
الكاتدرائية المرقسية الكبرى بالقاهرة ليصبح البابا رقم 117 في تاريخ
البطاركة.
وقرر الرئيس الراحل أنور السادات تحديد اقامة البابا شنودة في نطاق اجراءات ضد
معارضيه في سبتمبر أيلول عام 1981. وكانت العلاقة بينه وبين السادات توترت لرفضه
معاهدة السلام مع اسرائيل بسبب اجراءات اسرائيل في مدينة القدس وعلى خلفية حوادث
طائفية.
وظلت علاقات البابا شنودة بالرئيس السابق حسني مبارك وحكوماته طيبة ورفض البابا
مشاركة الاقباط في الانتفاضة التي أسقطت مبارك لكنه بارك نجاح الانتفاضة التي شارك
فيها مسيحيون بالمخالفة لموقفه.
وقال متحدث باسم الفاتيكان انه تم ابلاغ البابا بنديكت فورا بوفاة البابا شنودة
وانه قام بالصلاة من اجله. واضاف ان "الكنيسة الكاثوليكية تشارك المسيحيين في
مصابهم وتصلي بشأن وفاة ..زعيمهم الروحي."
